data_D16
#

_chem_comp.id                                   D16
_chem_comp.name                                 TOMUDEX
_chem_comp.type                                 NON-POLYMER
_chem_comp.pdbx_type                            HETAIN
_chem_comp.formula                              "C21 H22 N4 O6 S"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              ?
_chem_comp.pdbx_synonyms                        "ZD1694; Raltitrexed"
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    1999-07-08
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2020-06-17
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       458.488
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    D16
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       2TSR
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 EBI
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
D16  N1    N1    N  0  1  N  N  N   -9.943  -15.311  45.681  -4.771  -2.421   0.333  N1    D16   1  
D16  C2    C2    C  0  1  N  N  N   -9.708  -16.613  45.127  -6.094  -2.348   0.555  C2    D16   2  
D16  CM2   CM2   C  0  1  N  N  N  -10.767  -17.674  45.171  -6.803  -3.579   1.057  CM2   D16   3  
D16  N3    N3    N  0  1  N  N  N   -8.452  -16.887  44.527  -6.797  -1.267   0.360  N3    D16   4  
D16  C4    C4    C  0  1  N  N  N   -7.409  -15.930  44.445  -6.235  -0.127  -0.086  C4    D16   5  
D16  O4    O4    O  0  1  N  N  N   -6.345  -16.183  43.929  -6.906   0.875  -0.264  O4    D16   6  
D16  C4A   C4A   C  0  1  Y  N  N   -7.709  -14.565  45.042  -4.786  -0.127  -0.354  C4A   D16   7  
D16  C5    C5    C  0  1  Y  N  N   -6.774  -13.511  45.029  -4.120   1.005  -0.817  C5    D16   8  
D16  C6    C6    C  0  1  Y  N  N   -7.043  -12.207  45.588  -2.762   0.944  -1.048  C6    D16   9  
D16  C7    C7    C  0  1  Y  N  N   -8.341  -12.008  46.187  -2.062  -0.232  -0.824  C7    D16  10  
D16  C8    C8    C  0  1  Y  N  N   -9.312  -13.054  46.218  -2.709  -1.361  -0.366  C8    D16  11  
D16  C8A   C8A   C  0  1  Y  N  N   -8.978  -14.302  45.648  -4.075  -1.320  -0.126  C8A   D16  12  
D16  C9    C9    C  0  1  N  N  N   -5.965  -11.041  45.544  -2.034   2.165  -1.549  C9    D16  13  
D16  N10   N10   N  0  1  N  N  N   -4.818  -11.119  44.494  -1.558   2.952  -0.409  N10   D16  14  
D16  C11   C11   C  0  1  Y  N  N   -5.862  -10.891  40.691   1.976   1.954   0.767  C11   D16  15  
D16  S13   S13   S  0  1  Y  N  N   -6.575  -10.751  42.269   0.782   1.523  -0.449  S13   D16  16  
D16  C14   C14   C  0  1  Y  N  N   -5.070  -11.097  43.066  -0.303   2.707   0.126  C14   D16  17  
D16  C15   C15   C  0  1  Y  N  N   -4.130  -11.316  42.111   0.231   3.379   1.181  C15   D16  18  
D16  C16   C16   C  0  1  Y  N  N   -4.551  -11.197  40.792   1.488   2.971   1.542  C16   D16  19  
D16  C     C     C  0  1  N  N  N   -6.754  -10.670  39.446   3.244   1.340   0.924  C     D16  20  
D16  O     O     O  0  1  N  N  N   -7.926  -10.260  39.611   3.998   1.717   1.803  O     D16  21  
D16  N     N     N  0  1  N  N  N   -6.159  -10.793  38.202   3.615   0.340   0.100  N     D16  22  
D16  CA    CA    C  0  1  N  N  S   -6.971  -10.519  37.001   4.925  -0.294   0.262  CA    D16  23  
D16  CB    CB    C  0  1  N  N  N   -6.882   -9.018  36.486   4.877  -1.715  -0.304  CB    D16  24  
D16  CG    CG    C  0  1  N  N  N   -7.539   -7.792  37.267   3.911  -2.563   0.526  CG    D16  25  
D16  CD    CD    C  0  1  N  N  N   -7.936   -6.581  36.335   3.864  -3.962  -0.031  CD    D16  26  
D16  OE1   OE1   O  0  1  N  N  N   -9.025   -6.041  36.592   4.535  -4.252  -0.994  OE1   D16  27  
D16  OE2   OE2   O  0  1  N  N  N   -7.123   -6.281  35.431   3.078  -4.887   0.542  OE2   D16  28  
D16  CT    CT    C  0  1  N  N  N   -6.707  -11.675  35.950   5.966   0.506  -0.477  CT    D16  29  
D16  O1    O1    O  0  1  N  N  N   -5.572  -11.691  35.428   5.646   1.505  -1.078  O1    D16  30  
D16  O2    O2    O  0  1  N  N  N   -7.652  -12.456  35.751   7.248   0.110  -0.468  O2    D16  31  
D16  CP1   CP1   C  0  1  N  N  N   -3.439  -11.057  45.012  -2.408   3.997   0.166  CP1   D16  32  
D16  HN1   HN1   H  0  1  N  N  N  -10.828  -15.119  46.105  -4.299  -3.252   0.500  HN1   D16  33  
D16  HM21  HM21  H  0  0  N  N  N  -10.389  -18.590  44.693  -6.795  -3.585   2.147  HM21  D16  34  
D16  HM22  HM22  H  0  0  N  N  N  -11.028  -17.888  46.218  -7.833  -3.576   0.701  HM22  D16  35  
D16  HM23  HM23  H  0  0  N  N  N  -11.661  -17.322  44.635  -6.294  -4.469   0.685  HM23  D16  36  
D16  H5    H5    H  0  1  N  N  N   -5.808  -13.687  44.579  -4.662   1.922  -0.993  H5    D16  37  
D16  H7    H7    H  0  1  N  N  N   -8.582  -11.049  46.620  -0.998  -0.265  -1.011  H7    D16  38  
D16  H8    H8    H  0  1  N  N  N  -10.281  -12.894  46.668  -2.155  -2.272  -0.196  H8    D16  39  
D16  H91   H91   H  0  1  N  N  N   -6.510  -10.104  45.358  -1.184   1.856  -2.158  H91   D16  40  
D16  H92   H92   H  0  1  N  N  N   -5.492  -11.000  46.536  -2.711   2.770  -2.151  H92   D16  41  
D16  H15   H15   H  0  1  N  N  N   -3.111  -11.569  42.363  -0.294   4.172   1.693  H15   D16  42  
D16  H16   H16   H  0  1  N  N  N   -3.901  -11.334  39.941   2.041   3.410   2.360  H16   D16  43  
D16  HN    HN    H  0  1  N  N  N   -5.199  -11.062  38.119   3.014   0.040  -0.600  HN    D16  44  
D16  HA    HA    H  0  1  N  N  N   -8.019  -10.650  37.307   5.181  -0.334   1.321  HA    D16  45  
D16  HB1   HB1   H  0  1  N  N  N   -5.809   -8.788  36.407   4.535  -1.683  -1.338  HB1   D16  46  
D16  HB2   HB2   H  0  1  N  N  N   -7.332   -9.015  35.482   5.873  -2.156  -0.264  HB2   D16  47  
D16  HG1   HG1   H  0  1  N  N  N   -8.446   -8.151  37.775   4.254  -2.595   1.561  HG1   D16  48  
D16  HG2   HG2   H  0  1  N  N  N   -6.818   -7.432  38.016   2.915  -2.122   0.487  HG2   D16  49  
D16  HOE2  HOE2  H  0  0  N  N  N   -7.459   -5.545  34.934   3.081  -5.770   0.149  HOE2  D16  50  
D16  HO2   HO2   H  0  1  N  N  N   -7.393  -13.111  35.113   7.880   0.656  -0.957  HO2   D16  51  
D16  HP11  HP11  H  0  0  N  N  N   -2.729  -11.122  44.174  -3.028   3.568   0.954  HP11  D16  52  
D16  HP12  HP12  H  0  0  N  N  N   -3.290  -10.107  45.546  -1.783   4.785   0.585  HP12  D16  53  
D16  HP13  HP13  H  0  0  N  N  N   -3.269  -11.896  45.703  -3.047   4.414  -0.612  HP13  D16  54  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
D16  N1   C2    SING  N  N   1  
D16  N1   C8A   SING  N  N   2  
D16  N1   HN1   SING  N  N   3  
D16  C2   CM2   SING  N  N   4  
D16  C2   N3    DOUB  N  N   5  
D16  CM2  HM21  SING  N  N   6  
D16  CM2  HM22  SING  N  N   7  
D16  CM2  HM23  SING  N  N   8  
D16  N3   C4    SING  N  N   9  
D16  C4   O4    DOUB  N  N  10  
D16  C4   C4A   SING  N  N  11  
D16  C4A  C5    DOUB  Y  N  12  
D16  C4A  C8A   SING  Y  N  13  
D16  C5   C6    SING  Y  N  14  
D16  C5   H5    SING  N  N  15  
D16  C6   C7    DOUB  Y  N  16  
D16  C6   C9    SING  N  N  17  
D16  C7   C8    SING  Y  N  18  
D16  C7   H7    SING  N  N  19  
D16  C8   C8A   DOUB  Y  N  20  
D16  C8   H8    SING  N  N  21  
D16  C9   N10   SING  N  N  22  
D16  C9   H91   SING  N  N  23  
D16  C9   H92   SING  N  N  24  
D16  N10  C14   SING  N  N  25  
D16  N10  CP1   SING  N  N  26  
D16  C11  S13   SING  Y  N  27  
D16  C11  C16   DOUB  Y  N  28  
D16  C11  C     SING  N  N  29  
D16  S13  C14   SING  Y  N  30  
D16  C14  C15   DOUB  Y  N  31  
D16  C15  C16   SING  Y  N  32  
D16  C15  H15   SING  N  N  33  
D16  C16  H16   SING  N  N  34  
D16  C    O     DOUB  N  N  35  
D16  C    N     SING  N  N  36  
D16  N    CA    SING  N  N  37  
D16  N    HN    SING  N  N  38  
D16  CA   CB    SING  N  N  39  
D16  CA   CT    SING  N  N  40  
D16  CA   HA    SING  N  N  41  
D16  CB   CG    SING  N  N  42  
D16  CB   HB1   SING  N  N  43  
D16  CB   HB2   SING  N  N  44  
D16  CG   CD    SING  N  N  45  
D16  CG   HG1   SING  N  N  46  
D16  CG   HG2   SING  N  N  47  
D16  CD   OE1   DOUB  N  N  48  
D16  CD   OE2   SING  N  N  49  
D16  OE2  HOE2  SING  N  N  50  
D16  CT   O1    DOUB  N  N  51  
D16  CT   O2    SING  N  N  52  
D16  O2   HO2   SING  N  N  53  
D16  CP1  HP11  SING  N  N  54  
D16  CP1  HP12  SING  N  N  55  
D16  CP1  HP13  SING  N  N  56  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
D16  SMILES            ACDLabs               12.01  "O=C(c3sc(N(C)Cc2ccc1NC(=NC(=O)c1c2)C)cc3)NC(C(=O)O)CCC(=O)O"  
D16  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C21H22N4O6S/c1-11-22-14-4-3-12(9-13(14)19(28)23-11)10-25(2)17-7-6-16(32-17)20(29)24-15(21(30)31)5-8-18(26)27/h3-4,6-7,9,15H,5,8,10H2,1-2H3,(H,24,29)(H,26,27)(H,30,31)(H,22,23,28)/t15-/m0/s1"  
D16  InChIKey          InChI                 1.03   IVTVGDXNLFLDRM-HNNXBMFYSA-N  
D16  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.370  "CN(Cc1ccc2NC(=NC(=O)c2c1)C)c3sc(cc3)C(=O)N[C@@H](CCC(O)=O)C(O)=O"  
D16  SMILES            CACTVS                3.370  "CN(Cc1ccc2NC(=NC(=O)c2c1)C)c3sc(cc3)C(=O)N[CH](CCC(O)=O)C(O)=O"  
D16  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  1.7.6  "CC1=NC(=O)c2cc(ccc2N1)CN(C)c3ccc(s3)C(=O)N[C@@H](CCC(=O)O)C(=O)O"  
D16  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  1.7.6  "CC1=NC(=O)c2cc(ccc2N1)CN(C)c3ccc(s3)C(=O)NC(CCC(=O)O)C(=O)O"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
D16  "SYSTEMATIC NAME"  ACDLabs               12.01  "N-[(5-{methyl[(2-methyl-4-oxo-1,4-dihydroquinazolin-6-yl)methyl]amino}thiophen-2-yl)carbonyl]-L-glutamic acid"  
D16  "SYSTEMATIC NAME"  "OpenEye OEToolkits"  1.7.6  "(2S)-2-[[5-[methyl-[(2-methyl-4-oxidanylidene-1H-quinazolin-6-yl)methyl]amino]thiophen-2-yl]carbonylamino]pentanedioic acid"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
D16  "Create component"   1999-07-08  EBI   
D16  "Modify descriptor"  2011-06-04  RCSB  
D16  "Modify synonyms"    2012-10-03  RCSB  
D16  "Modify synonyms"    2020-06-05  PDBE  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_synonyms.ordinal
_pdbx_chem_comp_synonyms.comp_id
_pdbx_chem_comp_synonyms.name
_pdbx_chem_comp_synonyms.provenance
_pdbx_chem_comp_synonyms.type
1  D16  ZD1694       ?  ?  
2  D16  Raltitrexed  ?  ?  
##
