data_ZDO
#

_chem_comp.id                                   ZDO
_chem_comp.name                                 "methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside"
_chem_comp.type                                 D-saccharide
_chem_comp.pdbx_type                            ATOMS
_chem_comp.formula                              "C7 H15 N O11 S2"
_chem_comp.mon_nstd_parent_comp_id              PA1
_chem_comp.pdbx_synonyms                        ?
_chem_comp.pdbx_formal_charge                   0
_chem_comp.pdbx_initial_date                    2012-12-19
_chem_comp.pdbx_modified_date                   2020-07-17
_chem_comp.pdbx_ambiguous_flag                  N
_chem_comp.pdbx_release_status                  REL
_chem_comp.pdbx_replaced_by                     ?
_chem_comp.pdbx_replaces                        ?
_chem_comp.formula_weight                       353.324
_chem_comp.one_letter_code                      ?
_chem_comp.three_letter_code                    ZDO
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_details       ?
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_details       Corina
_chem_comp.pdbx_ideal_coordinates_missing_flag  N
_chem_comp.pdbx_model_coordinates_db_code       ?
_chem_comp.pdbx_subcomponent_list               ?
_chem_comp.pdbx_processing_site                 RCSB
#   #
loop_
_chem_comp_atom.comp_id
_chem_comp_atom.atom_id
_chem_comp_atom.alt_atom_id
_chem_comp_atom.type_symbol
_chem_comp_atom.charge
_chem_comp_atom.pdbx_align
_chem_comp_atom.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_atom.pdbx_leaving_atom_flag
_chem_comp_atom.pdbx_stereo_config
_chem_comp_atom.model_Cartn_x
_chem_comp_atom.model_Cartn_y
_chem_comp_atom.model_Cartn_z
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_x_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_y_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_model_Cartn_z_ideal
_chem_comp_atom.pdbx_component_atom_id
_chem_comp_atom.pdbx_component_comp_id
_chem_comp_atom.pdbx_ordinal
ZDO  C1    C1    C  0  1  N  N  S  -83.802  -21.825  25.479   0.924   0.887  -0.245  C1    ZDO   1  
ZDO  C1M   C1M   C  0  1  N  N  N  -82.911  -21.975  27.628   0.262   2.347  -2.027  C1M   ZDO   2  
ZDO  C2    C2    C  0  1  N  N  R  -85.078  -21.719  24.639   1.824  -0.316   0.052  C2    ZDO   3  
ZDO  C3    C3    C  0  1  N  N  R  -85.743  -23.091  24.511   1.230  -1.564  -0.608  C3    ZDO   4  
ZDO  C4    C4    C  0  1  N  N  S  -84.730  -24.097  23.959  -0.200  -1.767  -0.096  C4    ZDO   5  
ZDO  C5    C5    C  0  1  N  N  R  -83.571  -24.125  24.943  -1.021  -0.508  -0.388  C5    ZDO   6  
ZDO  C6    C6    C  0  1  N  N  N  -82.538  -25.174  24.532  -2.434  -0.680   0.174  C6    ZDO   7  
ZDO  O1    O1    O  0  1  N  N  N  -84.107  -22.101  26.855   0.888   1.117  -1.655  O1    ZDO   8  
ZDO  N2    N2    N  0  1  N  N  N  -86.017  -20.767  25.255   3.164  -0.069  -0.485  N2    ZDO   9  
ZDO  S2    S2    S  0  1  N  N  N  -85.719  -19.244  24.751   4.346   0.555   0.493  S2    ZDO  10  
ZDO  OSA   OSA   O  0  1  N  N  N  -86.845  -18.788  23.872   5.521   0.642  -0.303  OSA   ZDO  11  
ZDO  OSB   OSB   O  0  1  N  N  N  -84.435  -19.216  23.977   3.771   1.673   1.155  OSB   ZDO  12  
ZDO  OSC   OSC   O  0  1  N  N  N  -85.613  -18.327  25.935   4.634  -0.481   1.570  OSC   ZDO  13  
ZDO  O3    O3    O  0  1  N  N  N  -86.856  -23.002  23.617   2.024  -2.704  -0.276  O3    ZDO  14  
ZDO  O4    O4    O  0  1  N  N  N  -85.352  -25.387  23.867  -0.789  -2.887  -0.758  O4    ZDO  15  
ZDO  O5    O5    O  0  1  N  N  N  -82.930  -22.840  24.954  -0.397   0.620   0.229  O5    ZDO  16  
ZDO  O6    O6    O  0  1  N  N  N  -81.902  -24.822  23.302  -3.234   0.444  -0.199  O6    ZDO  17  
ZDO  S6    S6    S  0  1  N  N  N  -81.003  -25.753  22.695  -4.668   0.379   0.309  S6    ZDO  18  
ZDO  OS1   OS1   O  0  1  N  N  N  -80.095  -25.033  21.742  -5.363   1.452  -0.312  OS1   ZDO  19  
ZDO  OS2   OS2   O  0  1  N  N  N  -81.796  -26.790  21.956  -5.073  -0.978   0.195  OS2   ZDO  20  
ZDO  OS3   OS3   O  0  1  N  N  N  -80.177  -26.413  23.759  -4.633   0.694   1.797  OS3   ZDO  21  
ZDO  H1    H1    H  0  1  N  N  N  -83.287  -20.855  25.421   1.319   1.770   0.257  H1    ZDO  22  
ZDO  H1M1  H1M1  H  0  0  N  N  N  -83.133  -22.184  28.685   0.274   2.447  -3.112  H1M1  ZDO  23  
ZDO  H1M2  H1M2  H  0  0  N  N  N  -82.161  -22.692  27.262  -0.770   2.351  -1.673  H1M2  ZDO  24  
ZDO  H1M3  H1M3  H  0  0  N  N  N  -82.518  -20.952  27.532   0.802   3.180  -1.578  H1M3  ZDO  25  
ZDO  HSC   HSC   H  0  1  N  N  N  -86.281  -17.654  25.876   5.316  -0.214   2.201  HSC   ZDO  26  
ZDO  H2    H2    H  0  1  N  N  N  -84.807  -21.365  23.633   1.886  -0.467   1.130  H2    ZDO  27  
ZDO  HN21  HN21  H  0  0  N  N  N  -86.951  -21.019  25.002   3.359  -0.271  -1.413  HN21  ZDO  28  
ZDO  H3    H3    H  0  1  N  N  N  -86.074  -23.424  25.506   1.215  -1.432  -1.689  H3    ZDO  29  
ZDO  HO3   HO3   H  0  1  N  Y  N  -87.268  -23.854  23.538   1.705  -3.532  -0.661  HO3   ZDO  30  
ZDO  H4    H4    H  0  1  N  N  N  -84.374  -23.760  22.974  -0.180  -1.948   0.979  H4    ZDO  31  
ZDO  HO4   HO4   H  0  1  N  Y  N  -84.728  -26.016  23.525  -1.697  -3.074  -0.482  HO4   ZDO  32  
ZDO  H5    H5    H  0  1  N  N  N  -83.953  -24.370  25.945  -1.075  -0.350  -1.465  H5    ZDO  33  
ZDO  H61   H61   H  0  1  N  N  N  -81.775  -25.253  25.320  -2.877  -1.591  -0.229  H61   ZDO  34  
ZDO  H62   H62   H  0  1  N  N  N  -83.042  -26.144  24.410  -2.388  -0.748   1.260  H62   ZDO  35  
ZDO  HS3   HS3   H  0  1  N  N  N  -79.257  -26.235  23.603  -5.501   0.679   2.223  HS3   ZDO  36  
#   #
loop_
_chem_comp_bond.comp_id
_chem_comp_bond.atom_id_1
_chem_comp_bond.atom_id_2
_chem_comp_bond.value_order
_chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag
_chem_comp_bond.pdbx_stereo_config
_chem_comp_bond.pdbx_ordinal
ZDO  C1   O1    SING  N  N   1  
ZDO  O1   C1M   SING  N  N   2  
ZDO  C1   H1    SING  N  N   3  
ZDO  C1M  H1M1  SING  N  N   4  
ZDO  C1M  H1M2  SING  N  N   5  
ZDO  C1M  H1M3  SING  N  N   6  
ZDO  C1   O5    SING  N  N   7  
ZDO  C1   C2    SING  N  N   8  
ZDO  C2   N2    SING  N  N   9  
ZDO  N2   HN21  SING  N  N  10  
ZDO  C2   H2    SING  N  N  11  
ZDO  S2   N2    SING  N  N  12  
ZDO  S2   OSA   DOUB  N  N  13  
ZDO  S2   OSB   DOUB  N  N  14  
ZDO  S2   OSC   SING  N  N  15  
ZDO  OSC  HSC   SING  N  N  16  
ZDO  C2   C3    SING  N  N  17  
ZDO  C3   H3    SING  N  N  18  
ZDO  C3   O3    SING  N  N  19  
ZDO  O3   HO3   SING  N  N  20  
ZDO  C3   C4    SING  N  N  21  
ZDO  C4   H4    SING  N  N  22  
ZDO  C4   O4    SING  N  N  23  
ZDO  O4   HO4   SING  N  N  24  
ZDO  C4   C5    SING  N  N  25  
ZDO  C5   O5    SING  N  N  26  
ZDO  C5   H5    SING  N  N  27  
ZDO  C5   C6    SING  N  N  28  
ZDO  C6   H61   SING  N  N  29  
ZDO  C6   H62   SING  N  N  30  
ZDO  C6   O6    SING  N  N  31  
ZDO  O6   S6    SING  N  N  32  
ZDO  S6   OS2   DOUB  N  N  33  
ZDO  S6   OS3   SING  N  N  34  
ZDO  S6   OS1   DOUB  N  N  35  
ZDO  OS3  HS3   SING  N  N  36  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_descriptor.comp_id
_pdbx_chem_comp_descriptor.type
_pdbx_chem_comp_descriptor.program
_pdbx_chem_comp_descriptor.program_version
_pdbx_chem_comp_descriptor.descriptor
ZDO  SMILES            ACDLabs               12.01  "O=S(=O)(O)OCC1OC(OC)C(NS(=O)(=O)O)C(O)C1O"  
ZDO  InChI             InChI                 1.03   "InChI=1S/C7H15NO11S2/c1-17-7-4(8-20(11,12)13)6(10)5(9)3(19-7)2-18-21(14,15)16/h3-10H,2H2,1H3,(H,11,12,13)(H,14,15,16)/t3-,4-,5-,6-,7+/m1/s1"  
ZDO  InChIKey          InChI                 1.03   UWLKUQLVRABNAG-GKHCUFPYSA-N  
ZDO  SMILES_CANONICAL  CACTVS                3.370  "CO[C@H]1O[C@H](CO[S](O)(=O)=O)[C@@H](O)[C@H](O)[C@H]1N[S](O)(=O)=O"  
ZDO  SMILES            CACTVS                3.370  "CO[CH]1O[CH](CO[S](O)(=O)=O)[CH](O)[CH](O)[CH]1N[S](O)(=O)=O"  
ZDO  SMILES_CANONICAL  "OpenEye OEToolkits"  1.7.6  "CO[C@@H]1[C@@H]([C@H]([C@@H]([C@H](O1)COS(=O)(=O)O)O)O)NS(=O)(=O)O"  
ZDO  SMILES            "OpenEye OEToolkits"  1.7.6  "COC1C(C(C(C(O1)COS(=O)(=O)O)O)O)NS(=O)(=O)O"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_identifier.comp_id
_pdbx_chem_comp_identifier.type
_pdbx_chem_comp_identifier.program
_pdbx_chem_comp_identifier.program_version
_pdbx_chem_comp_identifier.identifier
ZDO  "SYSTEMATIC NAME"  ACDLabs               12.01  "methyl 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranoside"  
ZDO  "SYSTEMATIC NAME"  "OpenEye OEToolkits"  1.7.6  "[(2S,3R,4R,5S,6R)-2-methoxy-4,5-bis(oxidanyl)-6-(sulfooxymethyl)oxan-3-yl]sulfamic acid"  
#
_pdbx_chem_comp_related.comp_id            ZDO
_pdbx_chem_comp_related.related_comp_id    PA1
_pdbx_chem_comp_related.relationship_type  "Carbohydrate core"
_pdbx_chem_comp_related.details            ?
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_atom_related.ordinal
_pdbx_chem_comp_atom_related.comp_id
_pdbx_chem_comp_atom_related.atom_id
_pdbx_chem_comp_atom_related.related_comp_id
_pdbx_chem_comp_atom_related.related_atom_id
_pdbx_chem_comp_atom_related.related_type
 1  ZDO  C1    PA1  C1    "Carbohydrate core"  
 2  ZDO  C2    PA1  C2    "Carbohydrate core"  
 3  ZDO  C3    PA1  C3    "Carbohydrate core"  
 4  ZDO  C4    PA1  C4    "Carbohydrate core"  
 5  ZDO  C5    PA1  C5    "Carbohydrate core"  
 6  ZDO  C6    PA1  C6    "Carbohydrate core"  
 7  ZDO  N2    PA1  N2    "Carbohydrate core"  
 8  ZDO  O1    PA1  O1    "Carbohydrate core"  
 9  ZDO  O3    PA1  O3    "Carbohydrate core"  
10  ZDO  O4    PA1  O4    "Carbohydrate core"  
11  ZDO  O5    PA1  O5    "Carbohydrate core"  
12  ZDO  O6    PA1  O6    "Carbohydrate core"  
13  ZDO  H1    PA1  H1    "Carbohydrate core"  
14  ZDO  H2    PA1  H2    "Carbohydrate core"  
15  ZDO  H3    PA1  H3    "Carbohydrate core"  
16  ZDO  H4    PA1  H4    "Carbohydrate core"  
17  ZDO  H5    PA1  H5    "Carbohydrate core"  
18  ZDO  H61   PA1  H61   "Carbohydrate core"  
19  ZDO  H62   PA1  H62   "Carbohydrate core"  
20  ZDO  HN21  PA1  HN21  "Carbohydrate core"  
21  ZDO  HO3   PA1  HO3   "Carbohydrate core"  
22  ZDO  HO4   PA1  HO4   "Carbohydrate core"  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_feature.comp_id
_pdbx_chem_comp_feature.type
_pdbx_chem_comp_feature.value
_pdbx_chem_comp_feature.source
_pdbx_chem_comp_feature.support
ZDO  "CARBOHYDRATE ISOMER"                  D         PDB  ?  
ZDO  "CARBOHYDRATE RING"                    pyranose  PDB  ?  
ZDO  "CARBOHYDRATE ANOMER"                  alpha     PDB  ?  
ZDO  "CARBOHYDRATE PRIMARY CARBONYL GROUP"  aldose    PDB  ?  
#   #
loop_
_pdbx_chem_comp_audit.comp_id
_pdbx_chem_comp_audit.action_type
_pdbx_chem_comp_audit.date
_pdbx_chem_comp_audit.processing_site
ZDO  "Create component"          2012-12-19  RCSB  
ZDO  "Modify atom id"            2013-01-02  RCSB  
ZDO  "Modify atom id"            2020-05-09  RCSB  
ZDO  "Modify component atom id"  2020-07-17  RCSB  
ZDO  "Initial release"           2020-07-29  RCSB  
##
